В 1989 году Евгений Феликсович стал первым руководителем главной футбольной организации Беларуси и возглавлял ее на протяжении десяти лет. За это время Беларусь вошла в ФИФА и УЕФА, а национальная сборная и лучшие клубы начали выступать в главных международных турнирах.
Потом Евгений Шунтов возглавлял футбольный арбитраж АБФФ, был делегатом АБФФ на матчах чемпионата и Кубка Беларуси.
